مشكلة تلوّث المياه التي يعاني منها لبنان اليوم ليست حديثة العهد بل ازدادت بشكل كبير في السنوات الماضية، خصوصاً بعدما عصفت أزمة النفايات بلبنان في العام 2015 ليصبح احتواؤها ليس بالأمر السهل بالنسبة للمختصّين والمعنيين، في ظلّ غياب تام للدولة. وتعود أسباب تلوّث المياه إلى المخلّفات البشرية التي تنساب مع مياه الصرف الصحي وتصبّ في الأنهار والبحيرات، فضلاً عن المخلّفات الصناعية التي تلوّث مياه البحر بفعل الأصباغ، المعادن الثقيلة مثل الزئبق والرصاص، المخلّفات الكيميائية الناتجة عن المصانع، النفط والمركّبات التابعة للبترول وغيرها.  أعدّت منذ سنة تقريباٍ مصلحة الأبحاث العلمية الزراعية دراسة أظهرت فيها أنّ مياه لبنان بمعظمها ملوّثة بنسب متفاوتة، تلوثاً جرثومياً وكيميائياً وبالمعادن الثقيلة، حيث وصلت نسبة التلوّث في بعض الشواطئ اللبنانية لا سيما الصناعية إلى 100%